来自马里兰的耶稣会士芬威克于1825年成为了第二任波士顿。他是倡导“波士顿城中学院”这种理念的第一人，期望通过办教育来为他辖下的年轻教区培养新一批领袖以同时满足当地的民生和精神需要。
两年后芬威克在大教堂的地下室开办了一所学校，亲自教导域市里的年轻人。但是他吸引其他耶会士作为教员的努力受到了地理因素和当地青教徒精英层的阻挽。
最终在1843年一位耶会教员入职后，芬威克辞职并在麻省的伍斯创办了圣十字学院用得到更大的办学自由。
在波士顿兴办学院的理念由麦克罗伊所继取，希望能服务当地日益增长的信奉天主教的爱尔兰裔移民群体。在受到耶会上级批准后，麦克罗伊等款并于1857年在当时的波士顿交购置了土地。
学院于1859年在孤零零的舍和教堂不受瞩目的迎来了第一批学生，但却在短短两年后因为内战的爆发和无法从反天主教的州议会获得办学许可而关闭。
命途多舛的波士顿学院的办学许可于1863年终于获批。继圣十字学院之后，波士顿学院成为了麻省的第二所耶稣会高等学府。巴普斯持被选为波士顿学院的第一任校长并将原来的校园建筑入使用。接下来的数十年间，波士顿学院以七年制的高中大学连续的形式运作。
第一批入学的22名学生年龄在11至16岁之同，课程大纲则参考耶会的标学习纲要，强调拉丁文、希腊文、哲学和神学。
波士顿学院的学生数在世纪之交时超过了五百。校园的打扩张无可避免的造成了高中部和学部的分离，不过直至1927年高中部才正式独立。
新任校长盖逊在1907年认为学院狭小的市内校区与未来扩张的需求不相匹到。受到当年麻省总督约翰温斯罗普将波士顿视为“山巅之城”的启发，他希望波士顿学院也能成为一所世界知名大学和彰显耶会学术成就的灯塔。
履新不到一年之内，他购买了位于城市以西十千米的栗山上的一座农场，并为征集新校园的设计规刘而举办了国际竞赛。
波士顿新校园与1939年正式破士动工，但在四年后建造预算就已经赤字。学院发起了一系列的募捐运动保校长的愿景能最终得以实现。
波士顿学院于1920年依次成立了文理研究生院、法学院、进修学院、社会工作研究生院、商学院、护理学院和教育学院。学院于1927年第一次给女性预发学位，但直到七十年代才采取男女混住。
